Si la commune de Saint-Aubin est située entre les rivières Doubs et Saône, plusieurs cours d’eau serpentent sur le territoire. Les principaux sont la Sablonne, le Cleux et l’Ausson.
La sablonne, 27.3 km de long zigzague sur 3 départements, le Jura, la Côte d’Or et la Saône et Loire. Elle prend sa source à Tavaux et se jette dans le Doubs à LAYS sur le DOUBS.
Le Cleux, à une longueur de 13 km, il prend sa source dans la forêt du recépage et se jette dans l’Ausson à Tichey en Côte d’Or.
L’Ausson, fait 16.5 km de long il prend sa source à Bousselange (Côte d’Or) au lieu-dit « Creux de la Mortoise » et se jette dans la Saône à Pagny-le-Château (Côte d’Or) depuis la création du canal de dérivation de la Saône. Sa particularité sur le territoire de la commune de Saint-Aubin est qu’il est la frontière entre le département du Jura et de la Côte d’Or.
